該機構是由南京市人民政府、南京大學、江蘇銀行、中國人民銀行南京分行、中國人民銀行數字貨幣研究所五方合作共建的“南京金融科技研究創新中心”的運營機構。主要承接國家與地方重點金融科技項目，征集金融科技領域應用示范項目，集聚金融科技產業核心要素，創建國際化金融科技專業孵化器，探索形成企業孵化與產業培育良性互動的新模式。運用區塊鏈、大數據、邊緣計算、人工智能等技術積極探索監管科技創新，解決中小企業融資難、融資貴問題，保障創新型供應鏈金融業務能夠合規、有效開展工作。

基于電子政務共享平臺和普惠金融平臺所構建的可信網絡基礎，構建政府主導下的科技創新生態環境，以創新的方式實現科技創新生態內部的數字化的支付流轉、兌現和全流程透明管理，使政府科技創新政策從多樣分散到集中聚力，有效的解決跨部門審批、創新主體間的無成本數字結算問題。實現政府科技創新財政支持的集中化、規范化和透明化，提升科技創新效率。